Сюжет рассказывает о приключениях старшего из братьев Саб-Зиро, который появлялся в первом МК, и его конфликте с колдуном Куан Чи и падшим Старшим богом Шинноком, а также о появлении Скорпиона.

В начале игры вы находитесь в шаулиньском храме и встречаетесь там с главным боссом Скорпионом, который также проник в храм чтобы украсть карту. После того как вы встречаетесь с главным боссом, естественно побеждаете его, вам предстоит выбор либо убить (добить Скорпиона), либо оставить его в живых, но при этом вы снова встретитесь с ним в преисподнии и уже там будете драться с ним. Эта наверное главный выбор во всей сюжетной линии первого уровня. После того как вы заберете карту, вам предстоит выбраться из храма через крышу.