Шао Кан, проигравший Лю Кан в битве (события МК2) и уставший от поражений его слуг на турнирах против землян, начинает приводить в действие план, начало которому было положено 10 000 лет назад. По его приказу Теневые жрецы, возглавляемые Шан Цуном должны были оживить бывшую королеву Кана — Синдел, которая умерла почти сразу после захвата Каном Эдении. По замыслу Кана, Синдел должна была воскреснуть не во Внешнем Мире, а на Земле, что дало бы право Кану открыть портал в Земное Царство и захватить планету, обойдя правила Смертельной Битвы.

Mortal Kombat 3 усложнил систему боя из предыдущих игр серии. Одним из нововведений стала кнопка «Бег» вместе с полоской энергии «Бег». Возможность бегать в игру была введена из-за критики тех фанатов, которые считали, что игроки, которые предпочитали использовать оборонительную тактику, имели больше преимущества перед игроками, которые предпочитали атаковать. Полоска энергии «Бег» расходовалась во время бега и проведения комбо, а затем быстро восполнялась.

Так же в игре появились новые персонажи: Cyrax, Kabal, Nightwolf, Stryker, Sheeva, Sektor, Sindel.