Самус первой сразилась с Метроидами на планете Zebes, желеобразными существами, которые имели способность "вытягивать" жизненную силу не только из любого организма, но, как видимо, и из костюма Самус, и обрушила планы лидера космических пиратов "Mother Brain" атаки галактической цивилизации с помощью Метроидов.

После того, как почти все Метроиды были уже истреблены Самус, она встречает кокон, из которого появляется новорожденный метроид, но в место того, что бы атаковать Самус, он следует за ней.

Самус доставляет Метроида в галактическую станцию исследований на Ceres, затем выясняется, что сила Метроидов может быть использована на благи цивилизации. Самус покидает станцию для поиска места для охоты, но вдруг получает тревожный сигнал: "Станция Ceres атакована!"...

Игра представляет из себя action-платформер, где игроку предстоит исследовать планету Zebes, в поисках украденного Метроида. Игрок может использовать оружие, улучшения для которого он будет находить в ходе прохождения игры. Некоторые улучшения обязательны для перехода в другие, ранее недоступные зоны. Например, чтобы открыть красную дверь, игроку сначало придется найти ракеты и выстрелить в дверь пару раз, а чтобы найти ракеты, нужно найти улучшение для костюма, позволяющее превратить его в шар и пройти узкие проходы. В игре присудствует система сохранений, унаследованная из прошлой части игры, где игрок может сохранять и продолжать игру с разных чекпоинтов, при этом можно сохраниться и на корабле, который восстановит жизнь и боеприпасы Самус. Игрок также может распоряжаться и улучшениями в отведенном для этого меню.